COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 14.518626 14.518626 14.771555
2021-02-07 17:00:00 15.395908 15.395908 14.721118
2021-02-06 17:00:00 6.259430 14.372600 14.693224
2021-02-05 17:00:00 14.772408 14.772408 14.784736
2021-02-04 17:00:00 14.618406 14.618406 14.803466
2021-02-03 17:00:00 14.196680 14.196680 14.823853
2021-02-02 17:00:00 12.845745 14.568516 14.825948

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 1.315884 5.394313 10.845966
2021-02-07 17:00:00 5.306719 12.192394 10.945004
2021-02-06 17:00:00 14.233781 14.233781 11.013988
2021-02-05 17:00:00 9.151194 9.151194 11.184095
2021-02-04 17:00:00 16.204559 16.204559 11.156890
2021-02-03 17:00:00 15.057009 15.057009 11.232560
2021-02-02 17:00:00 6.683641 6.683641 10.875768

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 14.705882 13.478692 13.633681
2021-02-07 17:00:00 15.618661 15.618661 14.025765
2021-02-06 17:00:00 11.691884 11.691884 14.345825
2021-02-05 17:00:00 12.842713 12.842713 14.521919
2021-02-04 17:00:00 10.608424 10.608424 14.713841
2021-02-03 17:00:00 18.528610 18.528610 15.160764
2021-02-02 17:00:00 10.658915 10.658915 15.529260

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 8.830846 5.818480 7.353517
2021-02-07 17:00:00 4.703704 4.703704 7.423346
2021-02-06 17:00:00 8.222037 8.222037 7.486741
2021-02-05 17:00:00 10.883424 10.883424 7.735330
2021-02-04 17:00:00 8.067093 8.067093 7.973525
2021-02-03 17:00:00 10.868079 6.903623 8.152836
2021-02-02 17:00:00 6.680080 6.680080 8.418859

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 28.636802 28.636802 16.866417
2021-02-07 17:00:00 23.353454 23.353454 16.235233
2021-02-06 17:00:00 1.159590 14.658197 15.858781
2021-02-05 17:00:00 14.513598 14.513598 15.739880
2021-02-04 17:00:00 13.878652 13.878652 15.279642
2021-02-03 17:00:00 13.686083 13.686083 14.918262
2021-02-02 17:00:00 12.332260 12.332260 14.842232

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 45.318619 26.320686 26.575336
2021-02-07 17:00:00 30.240700 30.240700 27.022895
2021-02-06 17:00:00 26.079578 26.079578 27.214463
2021-02-05 17:00:00 26.729375 26.729375 27.506083
2021-02-04 17:00:00 22.115028 22.115028 27.773906
2021-02-03 17:00:00 24.202497 24.202497 27.852173
2021-02-02 17:00:00 17.124489 24.722385 28.160990

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 16.645649 16.645649 16.773072
2021-02-07 17:00:00 15.388769 15.388769 16.930875
2021-02-06 17:00:00 8.951019 21.944740 16.905003
2021-02-05 17:00:00 15.621716 15.621716 17.035738
2021-02-04 17:00:00 18.566946 18.566946 17.400504
2021-02-03 17:00:00 17.974026 17.974026 17.472284
2021-02-02 17:00:00 19.282511 19.282511 17.443700

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 11.864664 11.864664 5.840820
2021-02-07 17:00:00 6.305257 6.305257 5.799055
2021-02-06 17:00:00 5.067720 5.067720 5.753130
2021-02-05 17:00:00 5.302291 5.302291 5.765842
2021-02-04 17:00:00 4.923877 4.923877 5.782742
2021-02-03 17:00:00 6.423841 6.423841 5.885077
2021-02-02 17:00:00 5.865961 5.865961 5.930379

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 14.039566 14.039566 15.951547
2021-02-07 17:00:00 26.863469 26.863469 15.923115
2021-02-06 17:00:00 15.907781 15.907781 15.348148
2021-02-05 17:00:00 12.943470 12.943470 14.922251
2021-02-04 17:00:00 22.765363 13.570764 14.573368
2021-02-03 17:00:00 15.061409 15.061409 14.094518
2021-02-02 17:00:00 14.432990 14.432990 13.539051

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 18.484097 18.484097 17.691391
2021-02-07 17:00:00 17.618328 17.618328 17.700163
2021-02-06 17:00:00 21.934527 21.934527 17.758637
2021-02-05 17:00:00 22.137742 15.365573 17.923199
2021-02-04 17:00:00 19.657735 19.657735 18.284475
2021-02-03 17:00:00 18.012229 18.012229 18.661671
2021-02-02 17:00:00 20.212766 10.413931 19.067107

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 25.560538 13.051261 12.889152
2021-02-07 17:00:00 13.690063 13.690063 12.909596
2021-02-06 17:00:00 12.831077 12.831077 12.889729
2021-02-05 17:00:00 13.324751 13.324751 12.808237
2021-02-04 17:00:00 14.384177 14.384177 12.863776
2021-02-03 17:00:00 13.429888 13.429888 12.908645
2021-02-02 17:00:00 8.653846 8.653846 12.872681

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 13.312203 13.312203 11.191399
2021-02-07 17:00:00 13.150289 13.150289 11.081763
2021-02-06 17:00:00 9.898477 9.898477 10.991957
2021-02-05 17:00:00 11.649366 9.227220 10.917603
2021-02-04 17:00:00 13.029316 13.029316 10.849783
2021-02-03 17:00:00 7.323944 9.987196 10.644616
2021-02-02 17:00:00 8.659218 10.460526 10.397639

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 74.127907 85.000000 81.826686
2021-02-07 17:00:00 64.032698 64.032698 80.449143
2021-02-06 17:00:00 102.035623 102.035623 80.202707
2021-02-05 17:00:00 79.330254 79.330254 80.263309
2021-02-04 17:00:00 101.771117 101.771117 79.802672
2021-02-03 17:00:00 71.055495 71.055495 79.042339
2021-02-02 17:00:00 94.526627 94.526627 78.577944

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 29.729730 29.729730 NaN
2021-02-07 17:00:00 65.543071 65.543071 NaN
2021-02-06 17:00:00 83.734940 83.734940 NaN
2021-02-05 17:00:00 84.166667 84.166667 NaN
2021-02-04 17:00:00 68.181818 68.181818 NaN
2021-02-03 17:00:00 116.000000 116.000000 NaN
2021-02-02 17:00:00 44.215938 44.215938 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 18.435115 18.435115 16.059563
2021-02-07 17:00:00 18.869066 18.869066 15.958286
2021-02-06 17:00:00 15.940418 15.940418 15.733598
2021-02-05 17:00:00 14.735516 14.735516 15.813011
2021-02-04 17:00:00 17.885638 17.885638 15.495428
2021-02-03 17:00:00 13.532716 13.532716 15.401780
2021-02-02 17:00:00 13.447003 13.447003 15.186894

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 13.839941 33.131424 27.829566
2021-02-07 17:00:00 45.508626 45.508626 28.938811
2021-02-06 17:00:00 23.792395 23.792395 28.470667
2021-02-05 17:00:00 28.151066 28.151066 27.963984
2021-02-04 17:00:00 27.045770 27.045770 27.995809
2021-02-03 17:00:00 24.432483 24.432483 28.036445
2021-02-02 17:00:00 16.507042 16.507042 27.511881

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 5.137615 5.137615 6.358611
2021-02-07 17:00:00 9.777778 9.777778 6.427004
2021-02-06 17:00:00 5.484862 5.484862 6.528070
2021-02-05 17:00:00 7.074090 7.074090 6.676071
2021-02-04 17:00:00 9.606373 9.606373 6.813411
2021-02-03 17:00:00 4.746100 4.746100 6.946847
2021-02-02 17:00:00 2.914614 2.914614 6.948168

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 11.658537 8.304378 12.748286
2021-02-07 17:00:00 12.954186 12.954186 13.013047
2021-02-06 17:00:00 13.261421 13.261421 13.324562
2021-02-05 17:00:00 11.045365 11.045365 13.677948
2021-02-04 17:00:00 13.294019 13.294019 13.968724
2021-02-03 17:00:00 14.198718 14.198718 14.244955
2021-02-02 17:00:00 16.359102 16.359102 14.533745

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 12.137387 12.137387 9.064858
2021-02-07 17:00:00 10.090634 10.090634 8.823896
2021-02-06 17:00:00 9.038682 9.038682 8.680244
2021-02-05 17:00:00 9.308792 9.308792 8.523028
2021-02-04 17:00:00 9.633667 9.633667 8.413346
2021-02-03 17:00:00 6.426405 7.812278 8.260904
2021-02-02 17:00:00 6.682298 6.682298 8.103464

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 90.047393 13.581129 24.676020
2021-02-07 17:00:00 28.191882 28.191882 24.767323
2021-02-06 17:00:00 25.397974 25.397974 24.372417
2021-02-05 17:00:00 29.632107 29.632107 24.307267
2021-02-04 17:00:00 26.341808 26.341808 24.435564
2021-02-03 17:00:00 30.171278 30.171278 24.696057
2021-02-02 17:00:00 19.957687 19.957687 24.456041

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 26.530612 26.530612 10.192287
2021-02-07 17:00:00 1.562500 1.562500 10.359456
2021-02-06 17:00:00 13.333333 13.333333 9.754250
2021-02-05 17:00:00 8.888889 8.888889 9.693917
2021-02-04 17:00:00 13.095238 13.095238 9.454838
2021-02-03 17:00:00 13.253012 13.253012 9.741934
2021-02-02 17:00:00 3.333333 3.333333 9.340491

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-08 17:00:00 29.885057 29.885057 25.887992
2021-02-07 17:00:00 22.794118 22.794118 25.510364
2021-02-06 17:00:00 30.262200 30.262200 25.362418
2021-02-05 17:00:00 25.056264 25.056264 25.810945
2021-02-04 17:00:00 28.589662 28.589662 25.554552
2021-02-03 17:00:00 21.764706 21.764706 25.647415
2021-02-02 17:00:00 26.158382 26.158382 25.715251

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.315884 5.394313 10.845966
Basilicata 14.705882 13.478692 13.633681
Calabria 8.830846 5.818480 7.353517
Campania 28.636802 28.636802 16.866417
Emilia-Romagna 45.318619 26.320686 26.575336
Friuli Venezia Giulia 16.645649 16.645649 16.773072
Lazio 11.864664 11.864664 5.840820
Liguria 14.039566 14.039566 15.951547
Lombardia 18.484097 18.484097 17.691391
Marche 25.560538 13.051261 12.889152
Molise 13.312203 13.312203 11.191399
P.A. Bolzano 74.127907 85.000000 81.826686
P.A. Trento 29.729730 29.729730 NaN
Piemonte 18.435115 18.435115 16.059563
Puglia 13.839941 33.131424 27.829566
Sardegna 5.137615 5.137615 6.358611
Sicilia 11.658537 8.304378 12.748286
Toscana 12.137387 12.137387 9.064858
Umbria 90.047393 13.581129 24.676020
Valle d'Aosta 26.530612 26.530612 10.192287
Veneto 29.885057 29.885057 25.887992

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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